Podczas II wojny światowej i bombardowania Tokio jedenastoletni Mahito Maki traci matkę. Ojciec chłopca żeni się niebawem z Natsuko, młodszą siostrą swojej zmarłej żony i przenosi się z rodziną do domu na wsi. Przygnębiony Mahito, pełen niepokoju w związku z nową sytuacją, niechętnie zaczyna odkrywać okolicę. Tak poznaje tajemniczą, mówiącą ludzkim głosem czaplę siwą i trafia na opuszczoną wieżę w pobliskim lesie, do której wejście rozpoczyna ciąg zaskakujących i cudownych wydarzeń.
Chłopiec i czapla, z autobiograficznymi wątkami z młodości reżysera, uznawany jest za jeden z najwybitniejszych wizualnie filmów Miyazakiego. Anime, którego światowa premiera odbyła się 7 września tego roku na Toronto International Film Festival, zostało wyprodukowane przez współzałożyciela Studia Ghibli Toshio Suzuki, a muzykę do niej skomponował wieloletni współpracownik Miyazakiego Joe Hisaishi.
