Laputa jest mityczną wyspą unoszącą się w chmurach, którą wedle legendy zamieszkiwała zaawansowana cywilizacja. Kluczem do jej odnalezienia jest dziewczynka imieniem Sheeta i niepozorny kamyk zawieszony na jej szyi. Akcja filmu rozgrywa się w alternatywnej rzeczywistości, przypominającej początek XX wieku w Europie.