Po dwóch latach od rozpadu Mystery Inc. grupa znów musi współpracować. Tajemniczy Mondavarious, właściciel Wyspy Strachów wzywa ich, by odkryli, dlaczego młodzi ludzie odjeżdżający z wyspy zachowują się zupełnie inaczej (wzmożona agresja) niż przed przybyciem na nią. Zaraz po przybyciu na miejsce, ktoś porywa Scooby`ego. Aby go uratować i odkryć tajemnice Wyspy Strachów, świeżo reaktywowana grupa znów musi nauczyć się współpracować.