Zainspirowany sztuką teatralną La Ronde autorstwa Arthura Schnitzlera Atomen to przejmujący obraz codziennego życia i rozterek mieszkańców współczesnego Berlina. Refleksyjny i melancholijno-hipnotyczny rytm filmowej opowieści obnaża wyobcowanie i zagubienie bohaterów, tak rozpaczliwie poszukujących sensu i stabilności w świecie, który wydaje się rozpadać.
Znużona życiem Yasmina każdy wieczór spędza w jednym z berlińskich barów. Samotny drink pozwala jej przygotować się na powrót do domu i stawienie czoła życiu w pozbawionym miłości małżeństwie. Jednak pewnej nocy nieoczekiwany obrót wydarzeń wytrąca Yasminę z codziennej rutyny, a jednocześnie uświadamia jej, że osób wyobcowanych i pogubionych tak samo jak ona, jest dookoła znacznie więcej.
Echa starego Berlina mieszają się tu ze współcześnie podzieloną Europą borykającą się z narastającymi skutkami zaawanasowanego kapitalizmu, a film ukazuje konsekwencje życia w społeczeństwie, w którym wartości zostały zastąpione przez ceny. Czy w świecie, który zewsząd przekonuje nas, by troszczyć się tylko o siebie, a pojęcia takie jak "prawda" i "piękno" zaczynają tracić swe pierwotne znaczenia, jest jeszcze miejsce na prawdziwą ludzką bliskość? Na odnalezienie sensu i nadziei, która da siłę, by iść dalej przed siebie?