Mistrz to fascynująca historia spotkania wizjonera, który głosi, że odkrył zagadkę istnienia (Philip Seymour Hoffman) i człowieka który mu uwierzył i zaczął ślepo wypełniać jego polecenia (Joaquin Phoenix). To opowieść o pragnieniu władzy i miłości, o mrokach ludzkiej duszy i odwiecznej tęsknocie za swoim miejscem na ziemi.
Weteran wojenny Freddie Quell (Joaquin Phoenix) jest człowiekiem, który przez całe życie ucieka przed prawem, przed swoją przeszłością, a nawet przed dziewczyną, będącą miłością jego życia. Ale pewnego dnia Freddie spotyka i poddaje się urokowi Mistrza, Lancastera Dodda (Philip Seymour Hoffman), założyciela i lidera potężnego ruchu duchowego. Ta ekstrawagancka postać - pisarz, kapitan, fizyk, filozof - była inspirowana osobą L. Rona Hubbarda, założyciela Kościoła Scjentologicznego.