Podczas Świąt Bożego Narodzenia trójka tokijskich bezdomnych znajduje w śmietniku niemowlę. Trójka przyjaciół postanawia wspólnie zaopiekować się dzieckiem i przy pomocy wskazówek pozostawionych przy maleństwie, odnaleźć jego prawdziwych rodziców. Poszukiwanie staje się narracyjnym punktem zapalnym filmu, jednak z czasem schodzi na drugi plan, a najciekawszym wątkiem filmu jest bliższe poznanie trójki tytułowych „Rodziców Chrzestnych”. Satoshi Kon opowiada o życiowych potknięciach i niepowodzeniach: tych wynikających z nałogu, z przypadku czy wybranych przez bohaterów świadomie.
