„Wielki Szef” to pełnometrażowy dokumentalny thriller szpiegowski, który przenosi widzów w lata 60. i 70. XX wieku. Bohaterem filmu jest Leopold Trepper – legendarny szef siatki wywiadowczej „Czerwona Orkiestra”, działającej podczas II wojny światowej. Choć odegrał kluczową rolę w historii szpiegostwa, po wojnie staje się w Polsce persona non grata: jest śledzony przez bezpiekę, poddawany represjom i oskarżany o zdradę. Jego dramatyczna walka o prawo do wyjazdu z kraju staje się symbolem zmagań jednostki z opresyjnym systemem.